En junio de 1503, maese Rodrigo de Santaella compra un solar junto al Postigo de Jerez, para construir en ese lugar el Colegio de Santa María de Jesús. Un año antes de esta circunstancia, los Reyes Católicos habían otorgado una real cédula autorizando la creación de Estudios Generales en Sevilla, a petición del Concejo de la ciudad.

La bula fundacional de este Colegio-Universidad no llegará hasta el 12 de julio de 1505, de manos del papa Julio II y un año más tarde la capilla del Colegio fue bendecida. En ella se levantaría un magnífico retablo, encargado por Maese Rodrigo al pintor alemán Alexo Fernández para conmemorar la fundación del Colegio Universidad, en el que aparece retratado Maese Rodrigo, realizando la ofrenda del edificio a Santa María de Jesús. Posiblemente el retablo coincida en el tiempo con el nombramiento de los primeros colegiales en el año 1517.

Ante la creación del Colegio de Santo Tomás en 1516, por las gestiones de Fray Diego de Deza, el de Santa María de Jesús solicita al Ayuntamiento que le ceda los derechos que poseía desde 1502 para crear Universidad. Lo que consigue tras muchos años, en concreto en 1551.

Del patrimonio atesorado por el Colegio-Universidad todo se desconoce. Las dificultades económicas y la falta de impulso que manifestaron las universidades, en especial la sevillana, en esta primera etapa, es un hecho reflejado por las últimas investigaciones. Al igual que la profunda crisis que atravesaron todas las universidades españolas en el siglo XVII.

Sería ya entrado el siglo XVIII, cuando esta realidad se vería modificada con la llegada a España de la dinastía Borbón. Fue precisamente el deseo de mejorar los sistemas de enseñanza de los hombres ilustrados del momento, lo que indujo al deseo de desvincular el Colegio de Santa María de Jesús de su Universidad. El plan de estudios propuesto por el asistente Pablo de Olavide implicó la aplicación del espíritu de la Ilustración en la Institución Universitaria. Fue aprobado en mayo de 1768 y fue incluido en una real cedula en el año 1769, en la que se encargaba al Asistente de Sevilla llevar a la práctica su reforma.

Dos años antes habían sido expulsados los jesuitas de España, mediante la ley del 2 de abril de 1767, conocida como la Pragmática Sanción y expedida por el rey Carlos III. En ella se había ordenado la expropiación del inmenso y valiosísimo patrimonio jesuítico, pasando su propiedad a manos de la Corona. El nuevo uso de los inmuebles expropiados se plasmó en la real orden de 31 de mayo de 1768, tras oír, entre otros el parecer de Olavide. La reforma del Asistente necesitaba ocupar edificios que habían pertenecido a la orden jesuítica. Con ello no sólo se trataba de cubrir el vacío dejado en la enseñanza por la expulsión de esta orden, sino también se favorecía la desvinculación de la Universidad de su Colegio, al disponerse de nuevos edificios.

La unión administrativa del Colegio Mayor de Santa María de Jesús y su Universidad se mantuvo hasta la creación de la Universidad Literaria en diciembre de 1770, aunque las dos instituciones convivieron juntas en el mismo edificio de la Puerta de Jerez, hasta el año 1771. En esta fecha, se dictó la orden del 3 de diciembre, encargando al teniente Gutiérrez de Piñeres la ejecución perentoria del Plan de Olavide, en lo referido a la Universidad, decidiéndose el traslado a una nueva sede. En esta desvinculación todo el patrimonio, incluido el de carácter artístico, se quedó en manos del Colegio y a cambio la Universidad adquiría el derecho al disfrute de algunas rentas, no sólo del Colegio Mayor, sino también las de la Casa Profesa de los jesuitas, y la de las cátedras vacantes de San Hermenegildo.

El traslado a la nueva sede universitaria se produjo el 21 de diciembre de 1771. El edificio concedido, aunque no completo, fue el que hasta entonces había ocupado la Casa Profesa de la Compañía de Jesús, localizado en la calle Compañía, actual Laraña. Llevaba también anejo un colegio para becarios. Fue cedido con parte de sus bienes, entre ellos estaba incluida una riquísima biblioteca, un gabinete-museo y una parte del espléndido patrimonio artístico que albergaban sus muros. Esta cesión llevaba implícita, además, el edificio de su iglesia, llamada entonces Iglesia de la Encarnación, hoy de la Anunciación, y que pasó a ser, a partir de esos momentos, el lugar elegido para la celebración de los actos solemnes de tipo académico.

En 1836, a raíz de la desamortización, las rentas y bienes del Colegio Santa María de Jesús se adjudicarán por el Estado a la Universidad y al poco tiempo el edificio del Colegio en la Puerta de Jerez pasará a ser Seminario, dependiendo del Arzobispado Hispalense.

El importantísimo patrimonio jesuítico, de carácter marcadamente religioso, concedido por la monarquía española a la Universidad de Sevilla, constituye el verdadero germen de la colección universitaria. Posteriormente, por real orden de 20 de agosto de 1847, este conjunto se vería incrementado en el siglo XIX por algunas obras procedentes del Colegio Seminario de San Telmo, al haber servido este edificio de Colegio de Internos de 2º enseñanza, dependiente de la Universidad Literaria, desde octubre de 1847 hasta junio de 1849.

A estas circunstancias habría que añadir algunas adquisiciones decimonónicas, de un carácter marcadamente enciclopedista, como fue el encargo de varias colecciones pictóricas de retratos, como la denominada Galería de Rectores, la de Doctores Obispos y Personajes Ilustres Universitarios o la de Retratos de Sevillanos Ilustres de la Biblioteca Provincial y Universitaria.

También hay que destacar las propias colecciones que se iban formando, gracias a donaciones del propio profesorado, en algunas facultades dedicadas al estudio del arte, la arqueología, la historia o la cultura, como la de Filosofía y Letras, cuya biblioteca y museo reciben importantes colecciones arqueológicas, artísticas y bibliográficas, a finales del siglo XIX. Entre sus benefactores se encuentran Francisco Caballero Infante Zuazo, Francisco Pagés y Belloc, Ildefonso Urquía y Martín, Marcelo Pascual y Palomo y Joaquín Hazañas y la Rúa, todos ellos doctores y ligados a la Universidad de Sevilla. También en 1858, se incorpora a la Universidad hispalense la Escuela Profesional de Bellas Artes, que hasta el momento había sido parte de la Academia sevillana y origen de la misma, aportando un amplísimo número de piezas.

El siglo XX, por último, trajo consigo un importante crecimiento de la colección universitaria y por otro lado también su dispersión. En la primera mitad de siglo, la Universidad de Sevilla se hace depositaria de dos conjuntos de obras artísticas. En 1911, el Museo del Prado cede en depósito un grupo pequeño pero valioso de diez pinturas y en 1951 hace lo mismo el Museo de Bellas Artes de Sevilla, con otras diez. También en esta primera mitad de siglo, en concreto desde 1924 estaba instalado el Laboratorio de Arte, fundado por Murillo Herrera, con su fototeca y biblioteca, en el segundo patio del edificio de la Casa Profesa, dedicado especialmente al inventario y catálogo de las obras de arte de Sevilla y su provincia. Dependía de la Facultad de Filosofía y Letras, que estuvo localizada en ese edificio hasta el 9 de febrero de 1956.

A mediados del siglo XX el edificio de la antigua Casa Profesa se había quedado pequeño como sede universitaria. Fue entonces cuando se concede a la Universidad el emblemático edificio de la Real Fábrica de Tabacos, que se inaugura oficialmente el 4 de abril de 1951, como sede del Rectorado. Y desde entonces, comienza desafortunadamente la dispersión de la colección universitaria, que hasta ese momento había estado cohesionada entre el edificio universitario de la Casa Profesa y la Iglesia de la Anunciación. Muchas obras artísticas en este momento son descontextualizadas de su entorno natural para pasar a adornar las dependencias de la Real Fábrica de Tabacos. Muchas de ellas pasaron desde la Anunciación a unas naves cercanas a la ribera del río. Otras quedaron almacenadas en los altos del edificio de la calle San Fernando, a la espera de su nueva ubicación. Las colecciones del museo de la Facultad de Filosofía y Letras se disgregaron entre el Departamento de Historia del Arte y el de Prehistoria y Arqueología, una vez instalados en sus nuevas sedes.

A partir de esos momentos, el viejo edificio universitario de la Casa Profesa comienza a desalojarse, el Rector lo abandona en 1960, reclamándolo la Compañía de Jesús en 1967 y ganando el pleito el 20 de mayo de 1968. Mientras tanto se resolvía el recurso presentado por la Universidad de Sevilla contra esta sentencia, la iglesia de la Anunciación se cerró. Muchas de sus piezas salieron del templo para ser expuestas fuera de Sevilla, otras se depositaron en el Alcázar y en el Museo de Bellas Artes para ser restauradas. Se decidió también desplazar todos los enterramientos y lápidas, que ocupaban las naves del templo, a la cripta de la iglesia, para la fundación del Panteón de los Sevillanos Ilustres. Sin duda, éste fue un periodo de mucho desconcierto, porque algunas obras de la iglesia fueron desmontadas y desarmadas, otras se perdieron en los continuos traslados a los que se vieron sometidas, otras fueron robadas.

Sin embargo, dos años más tarde, el 12 de mayo de 1970, el Tribunal Supremo falla a favor de la Universidad de Sevilla, que recobra de nuevo la titularidad sobre la iglesia. Como consecuencia de ello y, a petición de la propia Universidad, el Ministerio de Educación y Ciencia le otorga a la iglesia la categoría de Templo Museo, filial del Bellas Artes, en un intento de eliminar cualquier pretensión futura de los jesuitas sobre los bienes patrimoniales de la iglesia.

Se comienza, de nuevo, a rehabilitar al culto el templo de la Anunciación, instalándose la Hermandad del Valle, en 1971, que vuelve a reubicar parte de las obras artísticas de la iglesia en otro lugar, para hacer sitio a sus bienes. Fue, entonces, cuando el Ministerio de Educación y Ciencia, a través de la Dirección General de Bellas Artes, compró expresamente para la iglesia de la Anunciación, a las monjas del Monasterio de Santa María del Socorro, el retablo del Bautismo de Martínez Montañés, en el año 1972, para el ornato de sus muros.

A principios de 1974, se traslada la Facultad de Bellas Artes al edificio de la antigua Casa Profesa de los Jesuitas, en la calle Laraña y el 27 de agosto de ese mismo año se devuelve por el Estado a la Universidad de Sevilla el dominio pleno sobre el edificio de la Casa Profesa de los jesuitas de la calle Laraña, con su Iglesia y Panteón, subrogándose por decreto la institución universitaria en las competencias de tutela de los bienes muebles, que sobre la iglesia y Panteón habían ejercido hasta entonces la Dirección General de Bellas Artes y el Patronato Nacional de Museos, integrados en el Ministerio de Educación y Ciencia.

Aún así, todavía quedaba un nuevo episodio de desmantelamiento de obras artísticas de la iglesia de la Anunciación. En 1992, con motivo de la Exposición Universal, se autoriza que retornen a la Cartuja de las Cuevas, los bellísimos sepulcros de don Pedro Enríquez de Rivera y de doña Catalina de Rivera, con la promesa incumplida de ser colocados en su lugar de origen. Estos enterramientos, joyas del Renacimiento en Sevilla, esculpidos en mármol de Carrara, siguen siendo propiedad del ducado de Medinaceli, que decidió en 1836, a instancia de propia Universidad, que fueran instalados en los muros de la nave principal de la iglesia de la Anunciación, para embellecimiento de la misma.

Por último, es de destacar que tampoco han faltado en la segunda mitad del siglo XX los legados, las compras y donaciones de obras, para las nuevas sedes universitarias. Son particularmente destacadas, en 1940, las donaciones del profesorado de la antigua Escuela Superior de Bellas Artes, con motivo de la inauguración de su sede en el edificio de la casa de Gonzalo Bilbao, como también lo es el realizado, en 1989, por el profesorado de la actual facultad de Bellas Artes. A ello hay que sumar la creación en 1994 de los premios universitarios de Artes Plásticas, de carácter nacional, que han ido configurando con las obras premiadas un interesante fondo de arte contemporáneo.